Den ökumenischen Einsatz lebt die Gemeinschaft Sant’Egidio als Freundschaft, im Gebet und auf der Suche nach Einheit unter den Christen der ganzen Welt. Nachdem der Hl. Johannes Paul II. 1986 das Friedensgebet von Assisi einberufen hatte, hat die Gemeinschaft den Aufruf des Papstes am Ende dieses historischen Treffens aufgegriffen: „Verbreitet die Friedensbotschaft und lebt den Geist von Assisi.“
Seitdem hat die Gemeinschaft durch ein Netzwerk der Freundschaft unter Vertretern verschiedener Religionen und Kulturen in über 60 Ländern einen Pilgerweg des Friedens ins Leben gerufen mit Etappen in europäischen Städten und Orten des Mittelmeerraumes, die jährlich organisiert werden.
Nach den beiden Treffen von Rom (1987 und 1988) folgte Warschau mit dem Titel "War never again" im September 1989, genau am fünfzigsten Jahrestag des Ausbruchs des Zweiten Weltkriegs. Dann folgten Treffen in Bari, auf Malta und 1992 in Brüssel "Europa, Religionen, Frieden", das die europäischen Einheit und die Beziehung zum Süden der Welt in den Blick nahm. 1993 fand die Etappe der Pilgerreise in Mailand, dann in Assisi und Florenz statt. Ein besonderes Treffen wurde 1995 in Jerusalem im Herzen der Altstadt zum Thema „Gemeinsam in Jerusalem: Juden, Christen und Muslime“ organisiert.
Nach dem Treffen in Rom und Padua-Venedig kam es zum außerordentlichen Treffen 1998 in Bukarest "Der Friede ist der Name Gottes: Gott, Mensch, Völker", das die Gemeinschaft zum ersten Mal mit einer orthodoxen Kirche, der von Rumänien, durchgeführt wurde. Papst Johannes Paul II. hat in „Novo Millennio Ineunte“ geschrieben: „In dieser Sichtweise steht auch die große Herausforderung des interreligiösen Dialogs, für den wir uns auch noch im neuen Jahrhundert auf der vom Zweiten Vatikanischen Konzil angegebenen Linie einsetzen werden… Der Dialog muß weitergehen“.
Die Treffen wurden in den folgenden Jahren fortgesetzt: Genua (1999), Lissabon (2000), Barcelona (2001), Palermo (2002), Aachen (2003), Mailand (2004), Lyon (2005), Washington (2006) und Assisi (2006), als das zwanzigste Jubiläum des historischen Treffens von Assisi 1986 gefeiert wurde.
2007 in Neapel betonte Papst Benedikt beim Treffen: „Wir sind alle berufen, unter Achtung der Verschiedenheit der einzelnen Religionen für den Frieden zu arbeiten und uns für die Förderung der Versöhnung unter den Völkern einzusetzen. Der echte »Geist von Assisi« widersetzt sich jeder Form von Gewalt… Die katholische Kirche will den Weg des Dialogs fortsetzen, um die Verständigung zwischen den verschiedenen Kulturen, Traditionen und religiösen Bekenntnissen zu fördern.“
2008 fand das Treffen auf Zypern statt und trug den Titel „Die Kultur des Friedens“.
2009, siebzig Jahre nach dem Ausbruch des Zweiten Weltkriegs, führte der Pilgerweg des Friedens nach Krakau in die polnische Heimat von Johannes Paul II. Das Treffen mit dem Titel „Der Geist von Assisi in Krakau“ fand vom 6.-8. September 2009 statt.
2010 kehrte der „Geist von Assisi“ nach Spanien in die Stadt Barcelona zurück. In schwierigen Zeiten von Wirtschaftskrisen und regionalen Konflikten mit Folgen der Unsicherheit, Ängste und Entwurzelung stellten sich die Religionen die Frage, wie der Dialog einer Welt ohne Visionen und daher ohne Zukunft neue spirituelle Energien schenken kann. Zahlreiche Kardinäle und hochrangige Gäste aus der Ökumene (vom Patriarchat von Moskau und dem Ökumenischen Rat der Kirche, wie auch dem Lutherischen Weltbund dem Methodistischen Weltbund) nahmen daran teil. Ebenso kamen auch wichtiger Vertreter des Judentums und des Islams (aus 16 Ländern) und der großen asiatischen Religionen.
Dann erreichte 2011 der Geist von Assisi München mit dem Titel „Zusammenleben – unsere Bestimmung“ und erinnerte an die wichtige Verbindung der Religionen und Völker angesichts großer Herausforderungen für den Frieden und das Zusammenleben.
2012 fand das Treffen in Sarajewo, dann wiederum in Rom 2013, in Antwerpen 2014, in Tirana in Albanien 2015, in Assisi 2016, 2017 in Münster - Osnabrück und 2018 in Bologna, um Brücken des Friedens zu bauen. 2019 trafen sich die Religionen Madrid zum Treffen "Frieden ohne Grenzen". Am 20. Oktober fand das Treffen mit dem Titel "Niemand rettet sich allein. Frieden und Geschwisterlichkeit" in Rom statt. Im Jahr 2021 fand das Treffen vom 6.-7. Oktober zum Thema "Völker als Geschwister, Zukunft der Erde" erneut in Rom statt. Auch 2022 fand das Friedenstreffen zum Thema "Der Schrei nach Frieden. Religionen und Kulturen im Dialog" vom 23.-25. Oktober erneut in Rom statt; besondere Teilnehmer waren Papst Franziskus, sowie die Staatspräsidenten von Frankreich, Macron, und Italien, Mattarella. Im September 2023 versammelten sich die Religionsoberhäupter in Berlin; auch Bundespräsident Steinmeier und Bundeskanzler Scholz nahmen an dem Treffen mit dem Titel "Den Frieden wagen" teil. 2024 fand das Friedenstreffen mit dem Titel "Imagine Peace" im September in Paris statt.