Modlitwa jest sercem życia Wspólnoty Sant’Egidio, jej pierwszym „dziełem”. Na zakończenie dnia każda Wspólnota, niezależnie czy mała czy duża, zbiera się wokół Pana, aby słuchać Jego Słowa i zanosić do Niego swe prośby. Uczniowie nie mogą uczynić więcej niż siąść u stóp Jezusa jak Maria z Betanii, aby wybrać „najlepszą cząstkę” (Łk 10, 42) i uczyć się jak mieć te same co On uczucia (por. Flp 2,1-5).
Wracając do Pana za każdym razem Wspólnota czyni własną prośbę anonimowego ucznia: "Panie, naucz nas się modlić!” (Łk 11, 1). I Jezus, nauczyciel modlitwy, nieprzerwanie odpowiada: „Kiedy się modlicie, mówcie: Ojcze nasz”.
Kiedy człowiek się modli, także w cichości własnego serca, nigdy nie jest odizolowany od innych czy opuszczony: zawsze jest członkiem rodziny Pana. W modlitwie wspólnotowej poza tajemnicą usynowienia jasno ukazuje się również tajemnica braterstwa.
Wspólnoty Sant’Egidio rozsiane po świecie zbierają się w różnych miejscach wybranych na modlitwę i przynoszą Panu nadzieje i cierpienia „znękanych i porzuconych tłumów”, o których mówi Ewangelia (por. Mt 9, 36-37). Należą do tych tłumów także mieszkańcy współczesnych miast, ubodzy zepchnięci na margines życia, wszyscy ci, którzy oczekują, że zostaną najęci choć na dzień (por. Mt 20).
Modlitwa Wspólnoty gromadzi wołania, dążenia, pragnienia pokoju, uzdrowienia, poczucia sensu i zbawienia, którymi żyją mężczyźni i kobiety tego świata. Modlitwa nigdy nie jest pusta. Nieustannie wznosi się do Pana, aby płacz zmienił się w radość, desperacja w pogodę ducha, przygnębienie w nadzieję, samotność w zjednoczenie. I aby Królestwo Boże jak najszybciej zamieszkało między ludźmi.
